ペ―パー

最近ペーパー（論文）読むことに凝ってる
敷居が高いと思ってたけど意外に読める
意外に面白い

この前院生さんに調べ方教わったけど
まだまだ調べ方も初心者
もっと絞り込めるようにしたい

今はまだ、細かい実験に関する資料の収集はできないけど
単発のテーマに対して調べても
世界中ではほんと面白い実験というか研究してる人が大勢いるもんだね

今読み終えかけてるのがジャーナルのmicrobaterial methodsの
中にあった
Erwinia chrysanthemiという植物の病原性細菌の早い同定・単離方法で
新しい培地の組成を研究しているというもの
ある特殊（というほどでもないけど）なmediumで菌周辺に青色の色素を
出すんだけど
培地の組成の変化でその生成物も変化し、色調も微妙になるらしくて
他のspp.と完全に区別できる培地について書かれてる
まぁうちは応用生物科学科だけど実際応用微生物学科だからね
こういう話は分かり易い
専門英語的なものや表現も意図することがわかるから読める

今日手に入れた面白そうなものは
biofilm系で調べて、特にE.coliがうちではよく使うからそれ系で調べたら
同じくジャーナルのbacteriiologyの中で発見
E.coliのbiofilm formingの抑制について書かれてたもので
一般のentero-系（腸内細菌）はグルコースによってbiofilm formingが
抑制されるんだけどE.coliの場合はcAMP（Receptor蛋白）などで調和されるんだとさ
まだabstractしか読んでないけど
たしかにglucoseとcAMPの関係はラクトースオペロン中でも出てくるから
相対的な量関係はそこにも由来してるかもね
glucoseが増えるとcAMPが減ってその逆は逆になるってやつ
ただしこの場合レセプター蛋白が要因となってると思うからその場合
CRPの方が関係するのかな
でもglucoseと量的な関係があるのはcAMPだから間接的にでもcAMPが関与してると思う
ま、単純に考えてglucoseがあれば基本栄養として炭素源としては一番
使いやすいだろうし
biofilmの抑制というより、環境条件がよくて作らないと考えた方が無難かも
ラクトースオペロンではcAMP-CRPは正の制御因子として働いてたけど
特に正である必要もなく他のオペロンもしくは（ポリ）シストロン単位でも
負であってもいいと思うんだけどね
今回は逆に考えると[glu]が少ない時にbiofilmを形成するってことに
なるわけだから、同じ様に正のregulatorとして働いてるんですかね

と、まだabstractしか読んでないのに勝手に推測

全く知らない分野じゃなくて専門とする分野の一環であるなら
最高に論文は面白いと思う
ただ、３回生の時点では教科書よんでた方がいいかもね
知識はつくけど下地が大事みたいな感じで

まー恥ずかしながらほかの論文というかジャーナルしか読んでない
一番初めに見つけたのがジャーナルで
やっぱ読みやすいんだよね

でもスポフェで疲れた･･･
早く勉強時間を確保したい

研究っていいね

１～４限まで集中講義
でも一つも出れなかった

午前中は学連の仕事
午後は研究室

しかし、まぁ研究っていいね！
やっぱ生物系大学に来て良かったよ
すんげぇ楽しい

昨日は培地・植菌で
今日は染色・抽出・吸光測定

なかなか上手くいかなかったけど
やっぱ直接教えてもらうと実験系の計画に創造力がでる

他にも今まで組み立てた実験系の評価や
溶液・培地・器具についても教えてもらった上に
文献探索方法も教えてもらった
多少なら英語原文でもだいじょぶだし
レッツトライ！

今日やった実験や、その考察についてはメンドイのではしょる
でも、興味をひいた点について･･･

バイオフィルム形成能と一般生菌数増加とは全く違う
基本好条件ならバイオフィルムを形成する必要はなく
逆にその密度の高さや細胞外多糖の分泌など
多大な無駄なエネルギーを強いられるからね
バイオフィルム形成が高い条件ってーのは
一般的なある菌の生育好条件とはいつも違うのかな

比較してみたい

ほかにバイオフィルムの細胞（細菌）間シグナルの研究で
フィルム部分（粘液部分）の構成成分の特徴を調べるもの
とか面白かった
あんま詳しく書くとまだ研究途中らしいから
そこらへん考慮してやめとく

あとは、やっぱマイクロアレイを用いてバイオフィルム形成時の
細菌と通常時の細菌のＤＮＡ発現の違いをシストロン単位で調べて
そっから生成される特徴的はタンパクを同定するっていうのが
面白そうだった
なかなかキレイに結果がでないみたいだけど

早く４年になりたいな
早く院生になりたいな

どーでもいい授業なんか
いい教科書でも読めば分かるし

実験がすべてとは思わないけど
やっぱ平行させて勉強してくと
理解が早い
一番いい勉強法かもｗ

まーサークルでの実験は夏休みかな
ま、これはもういいや

俺がやりたいのは俺が勝手にやる
サークルの班単位でやるのは基本操作とかにする

やっぱ自分のペースでやっていかないと
研究とか実験って成り立たない
絶対に！

とくにインドア系だしね

―――――――――――――――――――――――
ってかディアもいい感じ
無限リリースができるようになった

後輩はどなんだろ？
できるようになったのかな？
たまにはコメント下さい、to　後輩

レッツ実験☆

なんと!!
この間バイオフィルムの話で研究室に訪問したら
研究室の実験補助をさせてもらえることになったのです!!
Ｕ＼(●~▽~●)Уイェーイ！

しかも、うちの学科でなく、食品工学科学科の食品微生物学研究室で

バイオフィルムの実験方法を学ぶことができるのでーす☆

研究室訪問をしてみるもんだねぇｗ
これからも色々な研究室を訪問してみたいと思います

自分のキャリアアップにもなるしね･･･
よりバイオフィルムに興味が湧いて英語原書のバイオフィルムの本を
借りて勉強中('-'*)

ちなみに今度の火曜１１:００～と水曜１３：００～です
授業とかぶってるけど忙しい院生さんに時間を割いてもらうわけだし
下準備も頑張らないと！

この実験が終わり次第うちの学科の綾部教授も色々ファイトアレキシンの
話で質問したら喜んでて、今度調べてくれるといってもらえたので
実験させてもらえないかな～

植物生体防御物質の総称であるファイトアレキシン
実験でバイオフィルムとの関連性についてきいてみたら
一般的に生体防御物質の効用としては抗生物質として
細菌に効くというよりカビ（菌）に効くそうな
で、バイオフィルムに関しては資料が少ないとのことで

なんかの植物のファイトアレキシン買おうかなときいてみたら
mg単位で数万円だとか
買えないなぁ
ちなみにルチンのように大量にあるわけではないので抽出も不可
しかし注意深く実験すればＴＬＣで分離は可能なそうな
ＴＬＣじゃあ分析目的だから分離・精製はできんでしょう･･･

でも、綾部の研究室にはそういうものがあるそうなので
なんとかならんかなと思う（笑）

てか最近ばか忙しい
なんでだろ･･･？？

でも暇で勉強しかしてないとか、無駄に忙しい時とかよりはいい
学術的なことで忙しい分には充実してるし
ディアも後輩がしっかりしてるから助かる

あとは･･･とりあえず早くスポフェが終われば！
少しは楽になるんだが

いやはや、ディアも回したいんだが時間がない
というよりはやく動画更新したいな

そいや、６月中ぐらいにプロモというか
クリップビデオ作るつもり
ビデオ担当さんに連絡いれとかないと･･･ｗ

学術実験計画

久しく（ほぼ１年半）活動らしき活動に参加してなかった
学術サークル

今年は最後だしなんか実験をやろうかと班員であつまろうとした

けどうちの班は３年３人２年１人の超極少人数班

今日集まったのは俺ともう一人３年男のみ
あ～あ、久しぶりに実験計画でもたてようかと思ったのに･･･

だけど、日曜日で図書館やってないからすぐさま藤沢の有隣堂に行って
調べてました

で、結局俺がbiofilmと環境に惹かれて、その路線で実験するんじゃないかな
一応共生班だし

基本的な実験の流れの案を勝手に夜中まで書き綴ったけど
基本①微生物共生条件におけるバイオフィルム形成の違い
　　②バイオフィルムの機能（生存性・抵抗性の上昇）
　　③基質によるバイオフィルム形成の変化
　　④バイオフィルムの除去分解について他生物との関連
　　（植物性生体防御物質とバイオフィルム形成・除去との関わり）

てな感じで組みましたが、個々の実験方法については考えつくものと
考えつかないものとあるし。というか①～④の実験それぞれについて
また個々の実験があるし。それはここで書くのメンドイので書きません。

ちなみにバイオフィルムではうちの大学の食品科学工学科の
食品微生物学研究室が研究してました。
単純な系におけるバイオフィルムの形成とその生育の違いや菌数を
クリスタルバイオレット染色→吸光度分析で出してたトコ見て
なんかできそうだと思った。
のでこんど挨拶がてら話聞きにいこうと思う。
ついでに植物性生体防御はうちの学科の教授にまかせて
細かい実験方法は教授に甘えて聞いたほうがよさげ･･･

はじめて自分で実験計画立ててるから右も左も分からん。
何が調べたいのかと言われれば･･･
バイオフィルム形成状態における微生物の抵抗性の上昇の利用
とバイオフィルムの構造・性質から見た効果的な除去方法を
導く準備として、その全体的な実験手順・作成方法の模索と
基本性質の実験･･･がしたい

ってとこかな

最近一般の専門書というか有機、分子生物、生化学とかしかやって
なかったから
今日買ったバイオフィルム入門とか極１分野における専門書って
すごい面白くて一瞬で読みきってしまった（笑）

意外に微生物関連の環境浄化とかっておもしろいかも

院試計画

院試まで後一年ちょい
のわりにはこの大学で学べたことって少ないなぁ

自分で勉強してきたことのほうが頭に残ってる

ま、自分が気にしてないだけで一般の人より
生物については詳しいだろうけどさ
後輩に学力で勝つ自信もない

テストネタなら勝てるけど、そんな教授の好みを覚えてもしょうがないし

で、最近しっかりと院試に向けて計画を立てていこうと思った

基本５本柱として
有機化学、分子生物学、生化学、数学、英語

その他として
微生物学、物理学、物理化学、細胞生物学、発生工学、統計学、生理学

の１２本でいこうかなと

こんなにやれるわきゃないけど
学校の授業もあるし、学連やら学術やらディアその他もろもろあるし

基本院試で必要になるものは英語、数学、科学を一般として
２，３の専門のみだから
基本５本柱だけでなんとかなるんだが

院試とやりたいこと・研究室とは別次元の問題だしね

生物材料科学がやりたくて東京工業大学の某研究室行きたいけど
ＳＩ○Ａ先生に数学も物理もうちでは必要ないから弱いんだよ
とまではっきりいわれてしまった有様
独学で工学部（しかも東工大）に敵うことはありえないので
少し断念･･･

有機化学、生化学は生物科学の基礎となるべき科目だから
しってなきゃならないし知らないと入ってからキツイと思う
院試でも応用効くし

分子生物学は単に得意科目
うちの学科はこれが命だしね･･･

ともあれ
有機化学はボルハルト・ショアー
分子生物学は分子生物学の基礎とthe cell
数学は微分積分学教程
英語は未定
生化学はヴォート
で行く予定

その他については模索中
微生物学のいい教科書欲しいんだけどな･･･

頑張ります